永明四年（486年）闰正月初一日，萧昭文受封爵位为临汝公 ，食邑一千五百户。萧昭文最初担任辅国将军、济阳太守。
永明十年（492年）正月，萧昭文转任为持节、督南豫州诸军事、南豫州刺史 ，仍任辅国将军。
永明十一年（493年），进号为冠军将军。同年正月二十五日，萧昭文的父亲文惠太子萧长懋去世 ，萧昭文回到都城建康（今江苏南京）。七月三十日，萧昭文的祖父齐武帝萧赜去世，萧昭文的哥哥皇太孙萧昭业即位。十一月初四日，萧昭业任命萧昭文为中军将军，享受领兵以及设置佐史的特权。并进封爵位为新安王 ，食邑两千户。
隆昌元年（494年）闰四月二十四日，萧昭业任命萧昭文为使持节、都督扬南徐二州诸军事、扬州刺史 ，仍任辅国将军。
隆昌元年（494年）七月二十日，辅政大臣尚书令、镇军大将军、西昌侯萧鸾（齐武帝堂弟，萧昭文堂叔祖）发动政变，弑杀萧昭业。七月二十一日，萧鸾以皇太后王宝明名义下诏，追贬萧昭业为郁陵王，并提议立新安王萧昭文为皇帝。 七月二十五日，萧昭文即皇帝位，大赦天下，改年号为延兴。任命萧鸾为骠骑大将军、录尚书事、扬州刺史、宣城郡公，文武官员赏赐官位二等。
延兴元年（494年）十月，进升萧鸾为太傅，领大将军、扬州牧，给予特殊的礼遇，进爵号为宣城王。
萧昭文虽然身居帝位，但朝政大权掌握在萧鸾的手中，萧昭文的起居饮食等事项，统统都要征询萧鸾准许后才可以进行。一次，萧昭文要吃蒸鱼菜，太官令说没有得到萧鸾的命令，竟然不给他吃。
延兴元年（494年）十月初十日，萧鸾以皇太后名义下诏，以萧昭文年幼多病，不明政事，难当重任为由，废黜其皇帝之位，让萧鸾入宫继位，并降封萧昭文为海陵王。
建武元年（494年）十月二十二日，萧鸾即皇帝位 ，是为齐明帝。齐明帝继位后，下诏依照东汉东海王刘彊的旧例，赐给萧昭文各种精美器物，供奉所需物品，每样都要从优丰厚。十一月，齐明帝诈称萧昭文有疾病，多次派遣御医前去看视，最终杀害萧昭文，时年十五岁。萧昭文的葬礼依照东海王刘彊的旧例办理 ，赐谥号为恭王。
谢脁《海陵王昭文墓铭》：“中枢诞圣，膺历受命，于穆二祖，天临海镜。显允世宗，温文著性。三善有声，四国无竞。嗣德方衰，时唯介弟。景祚云及，多难攸启。载驱軨辖，高辟代邸。庶辟欣欣，威仪济济。亦既负扆，言观帝则。正位恭已，临朝渊嘿。虔思宝缔，负荷非克，敬顺天人，高逊明德。西光已谢，东旭又凉。龙纛夕俨，葆挽晨锵。风摇草色，日照松光。春秋非我，晚夜何长。 ”
萧子显《南齐书》：“穆穆海陵，因亡代兴。不先不后，遭命是膺。”
《南齐书·卷三·本纪第三》
《南齐书·卷四·本纪第四》
《南齐书·卷五·本纪第五》
《南齐书·卷六·本纪第六》
《南史·卷五·齐本纪下第五》
《资治通鉴·卷一百三十九》
祖父：齐武帝萧赜。
祖母：武穆皇后裴惠昭。
父亲：文惠太子萧长懋。
嫡母：文安皇后王宝明。
生母：宫人许氏。
长兄：郁林王萧昭业。
三弟：巴陵王萧昭秀。
四弟：桂阳王萧昭粲。
皇后王韶明，太常王慈之女。萧昭文被废后，降封为海陵王妃。
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